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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO遮盖蛋清质组新的办法入宪!建设坐版SUMO化蛋清质组sql库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化遮盖语有的是种非常重要的译员后遮盖语,SUMO氧分子依据在E1产甲烷酶、E2搭配酶和E3相连酶的参与性下共价搭配究竟 物球球血清酶赖氨酸残基上,在管控观赏光合角色期、营养元素数据信息抗扰和胁迫表现中起着非常重要角色。SUMO化球球血清酶和SUMO遮盖语具体步骤中有关于酶的低下一定会造成 观赏光合角色期不正确虽然阵亡,这体现了SUMO化遮盖语在自动调节观赏光合角色期发展具体步骤中起着中心角色。由近几年在观赏绿植中被技术监定出的SUMO化球球血清酶数目较少,然后SUMO 化在观赏绿植中的丰度较低且动态的性较高,因而技术监定SUMO化球球血清酶和 SUMO化位点是十分的兼有对决性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程硕士生导师(拜谱生物工程合作的科学研究家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以开发好几回种第二步赖氨酸缺位SUMO含有做法,搭建了全新升级的树木SUMO化淀粉酶质组数据信息库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文音标题目大全:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

常常问题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

刊发期刊论文:Nature Plants

不良影响细胞因子:15.8

研究探讨基本思路

图1探讨理念图

科研结果显示

01、拟南芥K0-SUMO1血清质类物质析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,笔者进几步在优化方案的两步来完成亲和含有的方式完成质谱定量分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化表达血清质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化修饰语蛋白质和位点的验证通过

因为认可自身的SUMO1血清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并采取了身体检测。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以证实SUMO化遮盖位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化淀粉酶和位点的身体确认(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热驱散核营养物质组的酶联免疫法相比

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT核营养物质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 根据TMT的一定量蛋白酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱工作小结

本研究从血清质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以创建种精确度度更强的SUMO化球蛋白纯化和质谱测试方式 。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热开启蛋清定量分析比表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化遮盖球营养素组充当我们上海特色遮盖设备,用于优质的聚集技木、尖部的Astral实验仪器可确保SUMO化球蛋白质和位点的高品质量管理检测。此外,王鹏程教学用作拜谱教授团成员介绍,在企业产品研制开发整个过程中为公司展示 专业技术建意和免费指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

借鉴文章:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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