
2025年2月23日江西大学考研王英杰音乐老师组织等在Stem Cell Research & Therapy杂质(7.1)上发表“OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells”的文章,文章发现在低氧应激条件下,转录因子OCT4可以作为RNA结合蛋白在转录后水平激活AKT信号通路,维持多能干细胞的存活和多能性。研究团队通过HITS-CLIP等组学分析技术,发现OCT4蛋白能与一系列靶mRNA结合。在应激条件下,OCT4蛋白可脱离DNA结合模式,转而结合到AKT通路相关基因(如AKT1)mRNA的5'UTR区域,发挥RBP和ITAF的功能。进一步利用翻译组测序(RNC-seq)和蛋白质组学分析证实,这种结合显著提升了靶mRNA的翻译效率,导致AKT通路蛋白的快速翻译,促进细胞存活。拜谱生态学为该论述给予了核蛋白互作组验测服务项目,助力揭示OCT4的互作蛋白。该软文网络通讯作家王英杰老师们为拜谱生物制品技术总裁小学科学外联专员,拜谱生物制品技术总经历呼建文联合技术落款发表文章。
日文子标题:OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells, Stem Cell Research & Therapy, IF 7.1, 2025
作著行业:浙江大学
探讨村料:人类胚胎干细胞系H1和H9、NCCIT细胞
组学技术工艺:转录组、蛋清互作组
PART.1
研发报告
OCT在转录后水平方向解锁AKT1蛋白酶传达
借助RNA干涉敲低OCT4,遇到AKT1 mRNA含量重要增加,而球营养素含量的变化不太大。这反映出OCT4在AKT1表达方式国家宏观调控中现实存在转录后/译员含量的差别。OCT4对于种一般座落血受损細胞结构高并发挥基本功能的转录要素,而大部位转录后/译员环节出现在血受损細胞质中,我借助亚血受损細胞分割拥有胞质、血受损細胞结构类物质,遇到血受损細胞质中的OCT约占总球球蛋白的10%。进行热塑免疫性发展测序的技术(HITS-CLIP)形容OCT4-RNA互作组
原因开始之前的研发揭示OCT4有可能是RBP,因研发成员决定性动用HITS-CLIP技术水平系統性地解读OCT4-RNA双方功用组。研发成员动用CRISPR/Cas9系統性建立了TAP-OCT4 H1组织体细胞系,该组织体细胞系在OCT4的5’UTR前方敲入半个个TAP标示,方能更方便地转移和生物含有OCT4-RNA黏结物。完成这般技术,研发成员正常识别了广泛OCT4相根据实际位点,这类位点布局在5’UTR、CDS、3’UTR、内涵子、非商品代码表观遗传外显子、表观遗传间部位和反义CLIP-seq标示中(图1)。动用MEME软文对OCT4相根据实际位点去motif研究,得知GC-rich的(5′-GCCG-3′)回文序列在OCT4相根据实际位点中取得生物含有,更是要格外重视是建在反译起止位点的GC-rich六聚体(图1)。
图1 OTC4相结合靶基因遗传mRNA的5’-UTR空间
可以通过OCT4切合PI3K/AKT径路dna的mRNA
生物工程技术数据信息学分折信息显示OCT4凭借的DNA重要性参与活动RNA分泌、翻意、一些刺激到和经济压力发生反应等生物工程技术学环节,这表达OCT4在以上环节中会展现重要性的监测的功效。以上DNA的效果涉及蛋清质磷碱化、内源性凋亡数据4g讯号环路和干组织肿瘤神经组织神经元能维持等。GO分折表达,OCT4凭借的DNA划分在组织肿瘤神经组织神经元的大基本上部分,涉及组织肿瘤神经组织神经元结构、组织肿瘤神经组织神经元质和组织肿瘤神经组织神经元膜。GO氧分子效果分折表达,OCT4凭借的DNA还具有DNA凭借、RNA凭借和激酶凭借等效果。KEGG环路分折将OCT4凭借的DNA聚类算法到另一个环路中,中间涉及组织肿瘤神经组织神经元黏附性、PI3K/Akt数据4g讯号环路和PPAR数据4g讯号环路。与AKT监测的功效一直,OCT4凭借到另一个PI3K/AKT数据4g讯号环路DNA的mRNA,涉及PIK3CD、PIK3R2、PDPK1、AKT1、KRAS、BAD和EIF4E。这表达OCT4会凭借同时凭借其5’UTR来调理以上DNA的翻意。OCT4与互作蛋白酶的作用于翻译工作开始和结束的国家宏观调控
为了能够更准确性地判定体生殖癌组织系质中的OCT4互作淀粉酶,深入了解人工对体生殖癌组织系质淀粉酶来进行了温润的裂解,并省略了裂解储存液中填加核酸酶。那样能力不仅能提取了淀粉酶/核酸彼此功效,还使核质TFs与什么是遗传基因组DNA共奠定,导致比丰度了体生殖癌组织系质淀粉酶和许多可无水磷酸氢核质淀粉酶(如剪接成分)。用那样最简单的方法,深入了解人工就可以极限因素地提高核质中OCT4转录成分功效的电磁波辐射,并更专一于其看做RBP的新实用特点。深入了解人工安全使用质谱技艺判定了2七个OCT4互作淀粉酶,并了解了她们的亚体生殖癌组织系手机定位、大分子实用特点和海洋生命科学环节(图2)。这种淀粉酶主要的靠近体生殖癌组织系核、体生殖癌组织系质和体生殖癌组织系膜,并都具有译成成分整合、RNA整合和淀粉酶整合等实用特点。STRING淀粉酶组学网洛了解进这一步骤呈现了两个OCT4互作淀粉酶与译成、转录、有压力症状和轉運等4个组有关于(图3)。这种最后发现,OCT4会组织mRNA译成的管控。在2七个OCT4互作淀粉酶中,有经典之作的HNRNPA1和EIF3的根据这部分EIF3G,这发现OCT4会组织帽成瘾性性和/或帽非成瘾性性但EIF4F非成瘾性性译成起至环节。小说家进这一步骤声明OCT4、HNRNPA1和EIF3G会相同组织PI3K/AKT的信号径路什么是遗传基因的帽非成瘾性性和/或帽成瘾性性但EIF4F非成瘾性性译成起至环节。
图2 OTC4蛋清互作酚类化合物析
图3 OTC4淀粉酶互作组用途浅析
OCT4改善低氧条件下PI3K/AKT环路什么是基因的译文资料比列
我们采用全文翻譯组测序和转录组测序科学研究了低氧水平下OCT4在调理PI3K/AKT网络信息信息通道表观遗传mRNA全文翻譯相应全局性表观遗传中的做用。我们转型了全文翻譯组和转录组的RPKM数据库才能得到了RNA的全文翻譯比重,即总mRNA中产生全文翻譯的mRNA数量。KEGG的功能生物富集屏幕上屏幕上显示变动全文翻譯比重的表观遗传其关键参予进来PI3K/AKT网络信息信息通道、mTOR网络信息信息通道、胰岛素网络信息信息通道、凋亡和释放体信息通道等,而调涨全文翻譯比重的表观遗传其关键参予进来大致转录指数、泛素介导的核高蛋白溶解、组织时间间隔和PI3K/AKT网络信息信息通道等(图4)。效果屏幕上屏幕上显示OCT4在缺痒水平下对PI3K/AKT网络信息信息通道表观遗传的全文翻譯至关关键性。OCT4能够采用IRES介导的帽非依赖关系性全文翻譯方法有助于PI3K/AKT网络信息信息通道表观遗传的全文翻譯。
图4 低氧因素下的OTC4对球蛋白译为的方向性性监测
OCT4提高的AKT1讲述来克服缺氧的症状和防氧化应激反应
为了能够进两步研发OCT4与AKT1mRNA联系的制度,研发员动用HKINT技術(杂合子敲入N端标签纸)敲不仅有AKT1基因遗传5’UTR的的一部分,以影响OCT4与AKT1 mRNA的上下级角色。毕竟表面,TAP-AKT1血清质量同质性不超野山型AKT1血清质量,而TAP-AKT1 mRNA质量则同质性多于野山型AKT1 mRNA质量,这表面影响OCT4与AKT1 mRNA的上下级角色会仰制TAP-AKT1的翻译资料英语。在氧气不足必要的条件下,野山型AKT1血清质量在氧气不足处置后8个小時同质性偏高,随后在24个小時后恢复功能到原质量。而TAP-AKT1血清质量则在大部分氧气不足期间里不间断下滑。TAP-AKT1组织比野山型组织更轻松细胞两极分化为外胚层和内胚层,但不轻松细胞两极分化为间充质。所述,OCT4完成IRES介导的路经更改密码AKT1的翻译资料英语,于是在氧气不足必要的条件下保护PSCs的能活和自行不断更新的能力。PART.2
文章内容总结
综合上面的所说,本学习会发现OCT4是物种进化可以干生殖细胞中的的RNA融合蛋清质,它融合到mRNAs的5’-UTR、3’-UTR和CDS区域中。在OCT4蛋清质质相护做用组中加测到很多之比积极参与IRES介导全文英译英语开始和结束的蛋清质质,融合RNC-seq/RNA-seq了解进几步核定了OCT4在PSCs反应缺痒水压的全文英译英语调整中的关健做用。应当注意力的是,OCT4在缺痒能力下使用IRES介导前提条件融合到AKT1和很多PI3K/AKT无线信号环路什么是基因mRNAs的GC-rich元器件封装上,并有利于促进植物的根的全文英译英语开始和结束。使用HKINT办法特女性朋友弄坏AKT1 mRNA的5’-UTR构造和OCT4-5’-UTR相护做用尤为明显降了AKT1的全文英译英语平均水平,引发PSCs对氧化物应激反应介导的凋亡死尤为的敏感,并首选向外胚层和内胚层两极分化。PART.3
拜谱个人总结
本研究通过多组学技术揭示了OCT4作为一种新型的抗应激RNA结合蛋白,在应激条件下通过翻译调控促进多能干细胞的存活和自我更新。OCT4通过结合到AKT1等PI3K/AKT通路基因mRNA的5'-UTR区域,促进其在应激条件下的翻译起始,从而在PSCs的存活和分化中发挥关键作用。拜谱生物为该研究提供了核蛋白互作组质谱解析方法,拜谱生物的技术可给予成熟稳定健全完善的转录组学、核蛋白组学、产生组学及及两组学协同新产品的技术服务保障管理体系,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
借鉴文献综述:
Chen W, Chen X, Chen C, et al. OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells. Stem Cell Res Ther. 2025;16(1):84. Published 2025 Feb 23. doi:10.1186/s13287-025-04229-1