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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出范围广的生物工程亲水性，包涵抗肉瘤和抗虫毒功效。基本上，三萜是顺利通过甲羟戊酸路径结合的，并从天然的树种和真菌孢子中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发文章。该研发显示三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是使用液态物质培育的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生态学生成导致的。可以通过转录组和淀粉酶质组学技木进几步深入研究无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT导致两大类灵芝粉粉酸（GA）的体系，并表明两组学技木查测到的地域之间的关系基因组和地域之间的关系淀粉酶，推算DHT 海洋生态学合并 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用分类管理

采用对无柄虫草念珠菌菌丝体实施转录组测序共能够 67230个转录本和14299个单人类表观遗传。在等单人类表观遗传中，492被鉴定费为之间的关系形容人类表观遗传（DEGs），在另外213个形容上涨，279个形容调低（图1A）。GO丰度深入具体分析后，DEGs包括生物体步骤（BP）、神经元的成分（CC）和分子组成实用功能（MF）3类。在BP专业种类中，诞生了前以下三大子专业种类：抗生素类可分解新陈消化吸收步骤，冰醋酸盐新陈消化吸收步骤和甲酸盐新陈消化吸收步骤;而在CC专业种类中，神经元外区、突触挽回体、突触组成是前以下三大亚类。相对 MF专业种类，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性、脱色恢复原酶亲水性和酸氨（或酰胺）联系酶亲水性是前以下三大亚专业种类（图1B）。在DEGs的KEGG手机信号通道深入具体分析中，前30条丰度度非常高的手机信号通道有27条专属于新陈消化吸收，在另外丁烷新陈消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈消化吸收、丙酸盐新陈消化吸收手机信号手机信号通道更为明显丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和模块进行分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利顺利通过对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体开展血清质组学了解，大概知道了16,457种特有肽、2606种血清质和2588种降钙素原检测血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰條件下，这2606种血清质中，94种被亲子鉴定为差别表达爱方法血清（DEPs），但这里面52种调整，42种变动（图2A），图2C界面提示了差别表达爱方法血清的聚类算法了解热图。从GO了解来看看，BP类目界面提示，很多是数DEPs体验乙酸盐排泄历程、抗菌药分离排泄历程和用药分离排泄历程。CC类DEPs在神经内部系核外区、过脱色物酶体和微体中总量高达的人，脱色重置酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的比例怎么算高达的人（图2B）。与转录组最终结果是类似的，KEGG通道了解界面提示，好多DEPs在排泄中菌物制品丰度，但这里面3条最菌物制品丰度的前提条件是光合菌物制品中的碳稳固、碳排泄和MAPK手机信号通道（图2D）。还有就是，顺利顺利通过了解GO数值库的CC对DEPs开展亚神经内部系核地位了解和标注（图2E），DEPs其常见区域在神经内部系核质（40.66%）、神经内部系核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），认识论上是GAs菌物制品合成视频的其常见地位。

图2|淀粉酶质组的定量探讨探讨和基本功能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换成和较组获选DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个差异性呈现什么是遗传表观遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs来聚类算法探讨，遇到mRNA和淀粉酶质范围内有13个上涨什么是遗传表观遗传和3个下降什么是遗传表观遗传，DEGs和她全文翻译的DEPs呈现水平面呈正涉及到的联，体系结构Pearson的涉及到的联常数探讨，在转录组和淀粉酶质组范围内验测到较为较高的涉及到的联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测但是提示，E组和C组15个DEGs的抒发水准地域差异特殊，表中9个为上涨DEGs，5个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发市场趋势与转录成分析但是一致性。

图3|淀粉酶质组的按量阐述和实用功能认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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